Genel Sekreterlik; Yönetim Kurulu ve İhtisas Komiteleri çalışmalarının yürütülmesini ve alınan kararların yerine getirilmesini, UNESCO merkezi ve yurtiçi-yurtdışı ilgili kurumlarla ilişkiyi sağlamakla görevlidir. UNESCO Türkiye Millî Komisyonu Sekretaryası 1 Genel Sekreter, 2 Genel Sekreter Yardımcısı, Eğitim, Doğa Bilimleri, Sosyal ve Beşeri Bilimler, Kültür ve Bilgi ve İletişim sektörlerinde görevli 5 Sektör Uzmanı, 1 Sayman, 1 Muhasebeci, 1 Halkla İlişkiler, 1 Sekreter, 1 Teknik Eleman, 1 Şoför ve 1 Büro Yardımcısından oluşmaktadır. Sekretarya personeli, Belirsiz Süreli İş Sözleşmesine göre tam gün ve maaşlı olarak çalışırlar.