UNESCO Türkiye Millî Komisyonu Yönetim Kurulu; Millî Eğitim Bakanlığı tarafından atanan iki üye, Dışişleri Bakanlığı tarafından atanan bir üye ve Kültür ve Turizm Bakanlığınca atanan bir üye; Genel Kurul tarafından Diğer Kamu Kuruluşları (iki üye), Yükseköğretim Kurumları (üç üye), Özel Kuruluşlar (üç üye) Temsilcileri ve Tanınmış kişilerden (üç üye) seçilen toplam 15 üyeden oluşur.
 

Genel Kurul sonuçlarına göre toplanan Yönetim Kurulu, gizli oyla kendi arasından Başkan ve iki Başkan Vekilini seçer. Yönetim Kurulu -olağan şartlar altında- ayda bir kez toplanır ve Başkanlık ve Sekretarya tarafından yürütülmesi gereken konuları karara bağlar. Başkan, Millî Komisyonu temsil eder ve Yönetim Kurulu tarafından alınan kararların icrasından sorumludur. Başkan, Başkan Vekilleri ve Yönetim Kurulu Üyeleri gönüllülük esasına göre ve maaş almaksızın çalışırlar. Başkan ve Başkan Vekilleri ile diğer Yönetim Kurulu Üyeleri arasında görev tanımları dışında hiyerarşik veya mali açıdan bir fark bulunmamaktadır.
 

UNESCO Türkiye Millî Komisyonu Yönetmeliğinin 19. Maddesi doğrultusunda Yönetim Kurulunun görevleri aşağıda yer aldığı şekilde belirtilmektedir: 

• Genel Kurulda temsili öngörülen kamu kurum ve kuruluşlarını, özel kuruluşları, yükseköğretim kurumlarını belirleyen listeleri Genel Kurula sunmak üzere hazırlamak, 
• Yönetim Kurulunun bakanlıkları temsil eden üyelerinin kendi aralarında belirledikleri 5 tanınmış kişi ile Yönetim Kurulunun seçimle gelen üyelerinin kendi aralarında belirledikleri 5 tanınmış kişiden oluşan 10 kişilik listeyi yedekleri ile birlikte Genel Kurula sunmak üzere hazırlamak,
• İkili olağan ilişkiler, alınan kararların uygulanması ve bilgi-belge değişimi dışında kalan konulardaki çalışmaları, ilgili bakanlıklar ile koordineli olarak gerçekleştirmek,
• UNESCO Genel Konferanslarında veya UNESCO’nun düzenleyeceği toplantılarda ülkemiz adına katılacak delege ya da uzmanların seçilmesi sırasında Hükümete danışmanlık etmek, 
• Konferans ya da toplantılarda ülkemiz adına ileri sürülecek görüş ve önerileri hazırlamak, Dışişleri Bakanlığının ve ilgili diğer bakanlıkların görüşünü alarak katılacaklara bildirmek, 
• Millî Komisyon Sekretaryasında görevlendirilecek personeli belirlemek, Genel Sekreterliğin çalışmalarını düzenlemek ve kontrol etmek,
• Millî Komisyonunun bütçesini hazırlamak ve Milli Eğitim Bakanlığına sunmak, yıllık faaliyet raporlarını hazırlayarak Genel Kurul üyelerine iletmek ve Genel Kurula sunulacak raporları hazırlamak, 
• Kendi üyelerini veya yetkili kişileri davet ederek UNESCO’nun ilgi alanlarında özel ihtisas komiteleri oluşturmak ve çalıştırmak,
• UNESCO’nun etkinlikleri kapsamında ülkemizde yürütülen çalışmalar hakkında UNESCO merkezine gönderilmesi gereken ülke raporlarının hazırlanmasına katkıda bulunmak, 
• Görev alanına giren konulara ilişkin kararlar almak.