Emre Güldoğan’ın yüksek lisans çalışmasından itibaren başlayan ve halen devam eden, çalışma ve uzmanlık alanları doğrultusunda ulusal ve uluslararası ölçekte yayınladığı çok sayıda makale, kitap içi bölüm bulunmaktadır. Yine ulusal ve uluslararası ölçekte çok sayıda sempozyum ve kongrede bildiriler sunmuştur. Ayrıca editörlüğünü üstlendiği aynı zamanda proje başkanı olduğu İstanbuL İli Yüzey Araştırmaları (İstYA) Projesine ait 3 adet kitabı bulunmaktadır.
Lisans eğitimi sırasında Menekşe Çatağı, Yüksek Lisans eğitimi süresinde Aşıklı Höyük, Doktora eğitimi süresinde ise Mezraa-Teleilat kazılarına katılmıştır.
Doktora çalışmaları sırasında Troia Bursu kapsamında Almanya Tübingen Üniversitesi ile Köln Heinrich-Barth Üniversitesi’nde, AKMED Bursu kapsamında ise İtalya La Sapienza Üniverisitesi, Pigorini Müzesi, Lecce Üniversitesi, Catania Üniversitesi ve Paolo Orsi Müzesi’inde çalışmalarda bulunmuştur.
Doktora sonrasında ise YADOP Bursu kapsamında İngiltere-Londra’da araştırmalarda bulunmuştur.